一、影響力不同
SCI是美國科學情報研究所創辦的檢索數據庫，在國際范圍內都有極高的影響力，可以說發表SCI/SSCI是全世界科研人一致的目標~
核心創刊于國內，也就是我們自己的期刊遴選體系，核心收錄的論文代表了國內學術研究的前沿，在全國范圍內都有很高的權威性。簡單來說，SCI在國際上的影響力更廣，認可度更高。如果以后有出國留學的打算，比起發表核心，更建議你發表SCI，如果SCI難度太高的話，EI等檢索庫也是可以的，畢竟是國外的刊物，外國教授會更熟悉一些。
二、領域不同
核心期刊有很多種，但最常被提及的還是南核和北核，這兩個都是文科領域的數據庫，主要收錄文學、法學、管理學、經濟學、歷史學、政治學等文社科方向的期刊。SCI收錄的是理工科的論文，相應的，國外人文社科領域的優質論文會被收錄進SSCI。因此，在國內比較常見的現象是，理工科的教授副教授都想多發幾篇SCI，而很少有理工科的老師說要發核心。因為SCI是理工科最權威的數據庫，七大核心雖然也包括兩個理科類的數據庫，但遠遠沒有文科類的南核北核出名。
三、門檻不同
SCI相比和核心期刊來說公平性更高，它的考量標準是研究本身的創新性。而相比之下，國內的核心期刊很看重作者的背景。比如說，核心期刊會看重作者的職稱，看投稿人是學生，博士，講師還是教授。職稱越高，投稿的成功率越高。這也是有原因的，期刊每天收到的投稿很多，雖然學術基礎薄弱的人也可能有很好的學術成果，但教授研究的深度和創新性肯定更有保證。同樣，省級、國家級基金也會有很大“加成”，帶課題基金的文章更容易發表。所以說，本科生、研究生想發表核心是比較難的，他沒有大教授的title，很容易被審稿人忽略掉。相反，學術大牛經常會被期刊約稿，用他們的文章提高期刊的整體質量。
四、認可度不同
SCI論文屬于國際性質，現已是國際通用，不論是國內還是國外，都備受認可，核心期刊論文僅適用于國內，所以整體相比較而言，自然是SCI論文含金量更高，作用更大，相對應的，發表難度也更高。
五、對作者的作用不同
在評職稱方面，SCI論文和國內核心論文發表的加分也是存在差別的，發表一篇SCI論文不是教授就是副教授級別的，在評職稱的時候起到的作用是比較大的，而相比之下，國內核心論文可能要比SCI論文稍弱一些了。
六、發表難不同
SCI論文是國際學術論文，具有國際的性質，盡管南大核心期刊被稱之為“國內的SCI”，但是在一定程度上南大核心期刊與SCI期刊是有一定差別的，南大核心期刊稍微要弱一點，但南大核心期刊已屬于國內頂尖的核心期刊，發表難度已經是很難的了。
七、論文范圍上
SCI涵蓋很多分類，醫學，生物，自然科學，物理，化學，金融，藝術等，相當于是人類文明的圖書館，而國內核心期刊的論文范圍要窄。
八、發表刊物上不同
國內有7大核心期刊(或來源期刊)遴選體系，只有被以上體系認定才是核心，在認定的核心上發表的文章才是核心期刊論文，入選發表的刊物有限，而SCI包括有自然科學、生物、醫學、農業、技術和行為科學等，主要側重基礎科學。
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