戊戌維新期間，自主創辦期刊成為那些被邊緣化的知識分子參與國家政治與社會實踐的重要途徑，科學話語是他們輿論宣傳的重要內容。與傳教士報人不同，維新報人缺乏系統的科學教育與科研訓練，對近代科學的認知也參差不齊，整體科學素養較差。但這種先天性不足，并未妨礙少數精英對科學分類問題的主觀努力，并提出了自己的思想主張。
早年留學英國的嚴復，有緣見證了近代歐洲工業革命的盛況與科學事業的繁榮。1895 年 3 月，嚴復在《直報》上發表文章《原強》，把傳統文化與西方科學對接，進行話語轉換，“格致學”稱力學，“質學”叫化學，“名學”改名邏輯學，并認為數、理、化、名諸學是以研究自然現象解釋自然規律為目的的自然科學，但對社會人事無能為力，故還須研究天學、地學與人學，才能探究天地人事之理。“名數力炙( 質) 四者已治矣，然其心之用，猶審于寡而熒于紛，察于近而迷于遠也，故非為 天 地 人 三 學，則 無 以 盡 事 理 之 悠 久 博 大 于 蕃 變也。”97－98而三者之中，人學尤為急切，是“群學入德之門”。人學分為生學與心學兩類，生學即“論人類長養孳乳之大法”的生理學，而心學是“言斯民感應之密機”的心理學。人的體質與精神健康，才能形神相資與力德兼備。嚴復認識到自然科學與人文科學的功效與局限性，以及人類物力與德性的同等重要性，既提倡科學以“開民智”，又鼓吹“新民德”。
1897 年 8 月，《湘學新報》刊文，明確地將西方科學分為算法、幾何學、熱學、重學、電學、化學、天文學、地理學、聲學、光學、汽學、水學、動物學、植物學、全體學( 生理學) 、醫學、農學、測候學、礦物學等學科門類，而且指出各個學科之間關系密切，相互滲透。一方面學貴相通，科學研究切勿孤陋寡聞，需要廣泛交流方可有所長進與明辨正誤; 另一方面，學貴專深，方可致用。“皆一理之貫注，各有相關，徒知一學，無以得要旨。泛覽各學，無以造精深。貴交通以明其理，專一以見諸用，循序漸進，乃有實獲。”各學科門類在整個科學分類體系中所處的地位不同，以數學為“格致之階梯”，以天文地理為“格致之大原”，而農、工、商則是“格致之功用”，“而其綱領旨趣，則不出熱、電、重三學而已。其從入之途，要確有先后次第焉，未可躐等也。”故學習與研究科學要先后有別，循序漸進。江標曾談及學問的分類，“分學凡六: 曰史，曰掌故，曰輿地，曰算，曰商，曰交涉”。《實學報》則將科學劃分為天學、地學、人學與物學四大門類，其中天學研究“通法律歷要義，以及中西算理，一切權衡度量之隸屬”; 地學探究“山川形勢，邊防險要，以及萬國圖志、五洲礦產之隸屬”; 人學研究“圣賢教術、朝野掌故、中外制度、約章因革異同，以及禮樂兵刑工商之隸屬”; 而物學則研究“格致體用，動物形性，以及光化聲汽重力之隸屬”。
晚清期刊的宗旨上也能反映對科學分類的理性思考。《渝報》主張: 科學“無論中西，取其切于實用，如天文、地輿、兵法、醫學、算學、礦學、格化、光聲重汽電各種學”。《蜀學報》章程中標明“中外政學，分為官、士、農、工、商五門，取有關實用，可以考證得失，不分中外，隨文多寡列入”。《譯書公會報》也聲明: “凡有關政治、學校、律例、天文、輿地、光化電氣諸學、礦物、商務、農學、軍制者，次第譯成，以饜海內同志先睹為快之意。”
晚清自主創辦的及時份科普期刊《格致新報》認為科學主要有兩種分類法。一種是將科學劃分為性理學、治術學、象數學、形性學與紀事學等五個門類。其中性理學即“探道之大原，辨理之真偽者也”，道即客觀真理，既包括自然法則的天道，也包括世俗人倫的人道，相當于哲學與倫理學。治術學旨在“論公法律例，條約稅則者也”，類似于法學、外交學與財政學。象數學在于“究恒星天文，測量制造者也”，即天文學、測繪學及制造學。而形性學又分為物性之學、物理之學、化學與醫學四類，其中物性之學就是今天的物理學。而所謂的物理之學與化學須區別對待。物理之學中，研究金木水火土的物理之學屬于物理學范疇，但研究飛禽走獸的物理之學屬于動物學。化學中，研究原子分子、凝固溶解等物理現象的屬于物理學，而研究物質化合分離的化學反應就屬于化學。紀事學的內容則包羅甚廣，涉及歷史學、地理學、人口學、民俗學、教育學等多個學科層面。另一種是三分法，主張將科學分為“初啟時之學問”的試驗學、“大備時之學問”的性理學與“集成時之學問”的實物學三類，并主張算學包括分數學、代數學、形學( 幾何學) 等，形性學即“推究萬物變動之理”的物理學，化學則在于“推究各物獨具之性”。此外，還指出有些學科邊界模糊，“與其有別立門戶，而與他學摻雜者”，類似交叉學科。
此外，維新報人還涉及一些專門學科的科學分類。有的將傳統的格物學劃分為物理學、化學、生理學三類。動物學分類上，將動物界劃分為無脊類( 無脊椎動物) 與脊類( 脊椎動物) 兩類。其中無脊類包括圈體類、柔體類、光芒類等;脊類又分為胎生族、鳥族、蛇族、寒血族、水陸并居族、魚族等門類。并對化學與物理學加以區分，從事物理學研究的“格致家試驗能變其原形，而不能易其原質”，而“化學家之試驗則不然，變本質，成新質，幾使之莫辨其本來”。研究路數上，“格物之家，就一質以格一質，質之外別無它質; 化學之家，合數質以成一質，質之外更有異質”。維新報人大多推崇數學，但也有人有不同的理性思考。董祖壽就認為崇算之風實為“西儒之唾遺，華人之讏言”，精科學者未必通數學，通數學者也未必能精科學。科學專在實驗操作，稍通文理即可。盡管中國數學家輩出，卻罕有能格物制器以利民生的，因此他轉而主張中國“欲圖自強，在興格致; 欲興格致，先興化學”。
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