期刊版權合同的主體之一作者通常與期刊不在一個城市，按照民事訴訟的一般“原告就被告”的原則，管轄約定不明則可能引起長途跋涉和勞碌奔波，浪費大量的人財物力，導致訴訟成本非常高; 因此建議在協議中明確約定期刊所在地為初審法院，這種約定會在很大程度上減少一旦涉訟而造成的損失，避免期刊涉訟時陷于舟車勞頓之苦。
1.合同主體不合格目前高校主辦的期刊，在合同簽訂時往往是以期刊社或學報編輯部的名義進行的，由于其本身并非獨立的法人單位，無獨立承擔責任的能力，這就導致所簽合同的效力存在瑕疵; 因此，出版合同簽訂時應該以具有法人資格的主辦單位作為合同的一方主體，而非沒有法人資格的期刊社或編輯部。
2.轉讓權利種類列舉不 《著作權法》對著作權合同主要內容做了原則上的規定，主要體現于第24、25 條。就合同的一般性條款而言，各期刊都會按照上述法律的規定擬定合同，通常無太大的差異，只是約定有所不同而已; 但現在存在的問題是，許多期刊的合同
是多年以前擬定的，已無法適應時代的變化。近年來，隨著社會的發展與進步，各種不同的新型權利不斷出現，如網絡傳播權、網絡復制權等，并且隨社會的發展各種新型權利還會不斷出現，原有的合同已不足以應對可能出現的各種新權利; 因此各期刊除了要及時修改完善合同外，建議在合同轉讓權利部分增加一句兜底條款，如“論文所包含的全部可轉讓的著作權”，以此應對可能出現的各種權利形式，萬一遺漏也可通過此條款進行彌補。
3. 未明確能否再次轉讓或許可給第三方
期刊與作者簽訂出版合同，一般在一定的期限內要求作者將論文的財產性權利轉讓給期刊，由期刊行使，所以期刊才得以將該論文編輯出版發行，這是簽訂出版合同的首要目標; 但隨著網絡數字出版的迅速發展，僅有此規定顯然是不夠的，除此基本規定外，期刊必須取得作者許可再次轉讓或許可第三方使用的權利，只有這樣才可以實現期刊的數字化、網絡化傳播，適應市場發展的規律。
4. 缺少網絡環境下限制一稿多投的版權轉讓條款
版權合同一般要求作者對作品原創性擔保，以及禁止一稿多投、一稿多發等條款的限制; 但近年來隨著期刊數字化的迅速發展，很多作品如會議論文、學位論文甚至包括一些內部期刊在沒有公開出版的情況下在網絡上優先公開，在著作權法上這種形式的公開即為已經發表，而許多作者仍然希望在有正式 CN 號的刊物上再次發表，對這類行為是否涉嫌學術不端存有爭議。各個學術期刊應該根據自身稿源情況慎重對待這類稿件，如果期刊決定錄用此類稿件，則至少應該做到在版權轉讓協議中增加如“論文主要部分未以電子文檔形式上傳于互聯網或作為學位論文的一部分、會議論文被相關數據庫收錄”等類似內容，由作者對此承擔擔保責任，避免后續可能出現的糾紛。
5. 厘不清使用作品費用的法定與約定的關系
對于與作者簽訂版權合同的期刊，都自然會涉及論文的相關費用問題，必然會對稿費等做出相應的約定。事實上對于作品付費標準法律是有明確規定的。如《著作權法》28 條規定: “使用作品的付酬標準可以由當事人約定，也可以按照國務院著作權行政管理部門會同有關部門制定的付酬標準支付報酬。當事人約定不明確的，按照國務院著作權行政管理部門會同有關部門制定的付酬標準支付報酬。”《使用文字作品支付報酬辦法 》第 2 條規定: “除法律、行政法規另有規定外，使用文字作品支付報酬由當事人約定; 當事人沒有約定或者約定不明的，適用本辦法。”也就是說，對于使用他人作品的付費問題，首先由當事人約定，只有當事人約定不明或沒有約定時才按法律規定執行。調查表明，當前有相當一部分期刊沒有按照新的《使用文字作品支付報酬辦法》來約定和執行。
6 .糾紛解決方式未約定或比較籠統
很多協議中關于糾紛的解決方式約定比較籠統，或者約定的條款無實際意義，最為典型的如“其他未及事宜，若發生糾紛，雙方將協商解決; 若協商不成，則按照《中華人民共和國著作權法》和有關的法律法規處理”。在實務操作中，這樣的約定沒有任何實際意義。《中華人民共和國民事訴訟法》第 34 條規定: “合同或者其他財產權益糾紛的當事人可以書面協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯系的地點的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規定。”。由此條規定可知，合同雙方可以約定以上任何一個地點的法院作為解決糾紛的管轄法院，如果約定不明，一旦雙方發生糾紛，按照法律規定就會出現管轄權不明的情況。
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