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前言

第1章 系統(tǒng)發(fā)生學(xué)概論

1.1 系統(tǒng)發(fā)生與系統(tǒng)發(fā)生學(xué)

1.2 系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系的含義

1.2.1 表征關(guān)系

1.2.2 分支關(guān)系

1.2.3 遺傳關(guān)系

1.2.4 系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系

1.2.5 年代關(guān)系

1.2.6 地理分布關(guān)系

1.3 分子系統(tǒng)發(fā)生分析的原理和假設(shè)

1.3.1 分子系統(tǒng)發(fā)生分析的原理

1.3.2 分子系統(tǒng)發(fā)生分析的假設(shè)

1.3.3 分子數(shù)據(jù)的優(yōu)點

1.4 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的方法論

1.5 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的發(fā)展歷史

1.6 系統(tǒng)發(fā)生分析的策略與步驟

1.7 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的文獻資源

1.7.1 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)期刊

1.7.2 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)領(lǐng)域主要專著和教科書

1.8 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的成就和問題

第2章 系統(tǒng)發(fā)生分析基礎(chǔ)

2.1 分子進化基礎(chǔ)

2.1.1 分子進化的動力

2.1.2 分子進化的中性理論

2.1.3 溯祖理論

2.2 系統(tǒng)發(fā)生分析的分類學(xué)基礎(chǔ)

2.2.1 系統(tǒng)發(fā)生與分類學(xué)的關(guān)系

2.2.2 分類階元的系統(tǒng)發(fā)生意義

2.3 性狀和性狀分析方法

2.3.1 性狀的分類

2.3.2 關(guān)于性狀的基本假設(shè)

2.3.3 性狀進化分析方法

2.3.4 性狀的加權(quán)

2.3.5 性狀的同源

2.3.6 性狀的同型

2.4 系統(tǒng)發(fā)生分析的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)

2.5 系統(tǒng)發(fā)生分析的統(tǒng)計學(xué)基礎(chǔ)

2.5.1 概率分布

2.5.2 系統(tǒng)發(fā)生的統(tǒng)計學(xué)檢驗

2.5.3 零假設(shè)與零模型

2.5.4 常用檢驗方法

2.5.5 數(shù)據(jù)及其在系統(tǒng)發(fā)生中的應(yīng)用

2.6 理論系統(tǒng)發(fā)生學(xué)

2.7 模擬系統(tǒng)發(fā)生研究

2.7.1 系統(tǒng)樹的模擬

2.7.2 序列的模擬

2.7.3 系統(tǒng)發(fā)生模擬研究的優(yōu)勢

2.8 系統(tǒng)發(fā)生分析的算法

2.8.1 算法

2.8.2 啟發(fā)式算法

第3章 系統(tǒng)樹

3.1 系統(tǒng)樹的概念和含義

3.2 系統(tǒng)樹的要素

3.2.1 系統(tǒng)樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)

3.2.2 系統(tǒng)樹的節(jié)點

3.2.3 系統(tǒng)樹的分枝和分枝長度

3.3 演化歷史與系統(tǒng)樹的完整性

3.4 系統(tǒng)樹表達(dá)的信息

3.5 系統(tǒng)樹概念和表達(dá)形式的發(fā)展

3.6 系統(tǒng)樹的類型

3.6.1 樹狀圖與網(wǎng)狀圖

3.6.2 有根樹和無根樹

3.6.3 標(biāo)度樹與未標(biāo)度樹

3.6.4 基因樹和物種樹

3.6.5 基礎(chǔ)樹和合一樹、源樹和超樹

3.6.6 期望樹與實際樹

3.6.7 普適生命樹與樹

3.6.8 二歧樹和多歧樹

3.6.9 系統(tǒng)樹的表示形式

3.7 系統(tǒng)樹的數(shù)學(xué)描述

3.7.1 系統(tǒng)樹各部位的名稱

3.7.2 二分樹及其表示方式

3.7.3 二歧樹的性質(zhì)

……

第4章 系統(tǒng)發(fā)生信息學(xué)

第5章 數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備與序列比對

第6章 數(shù)據(jù)集系統(tǒng)發(fā)生信號評估

第7章 進化模型及其選擇

第8章 距離矩陣方法

第9章 簡約法

第10章 似然法

第11章 貝葉斯系統(tǒng)發(fā)生推論法

第12章 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)、超樹和無比對方法

第13章 系統(tǒng)發(fā)生假設(shè)檢驗

第14章 系統(tǒng)發(fā)生分析的性與影響因素

第15章 不同類型數(shù)據(jù)的分析策略

第16章 復(fù)雜數(shù)據(jù)和困難系統(tǒng)發(fā)生的分析策略與方法

第17章 多源數(shù)據(jù)集分析策略和方法

第18章 系統(tǒng)樹的可視化、注釋與應(yīng)用

參考文獻

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