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總的來說，患者在醫療衛生機構中發生感染風險增加主要有兩個因素。及時，與定植在健康宿主體內的共生細菌相比，患者在醫院、長期護理機構以及其他臨床設施中大量接觸的細菌、病毒往往更致命，且對常見的抗生素治療更具耐藥性。特別是在危急救治情況下，患者大量使用抗生素和其他診療方法，而這些抗生素和療法能消除或至少改變常居皮膚、腸、口咽部和其他黏膜表面無害的(而且通常是有益的)細菌的多樣性。因此，住院患者容易感染該機構中常見的侵襲性更強的細菌。例如，即便是短暫的住院后，通常老年患者口腔內的正常菌群也會被大腸埃希菌和克雷伯桿菌等腸道革蘭陰性菌取代。這些致病菌通過醫療服務者不潔凈的手，共用的醫療器械等途徑在患者之間水平傳播。正常菌群被致病菌株取代便會導致感染，因此也可以說醫院患者最常感染的正是侵襲機體的這類醫院致病菌。

第二，是發生在患者中間的正常宿主防御系統的破壞，這種破壞緣于疾病，還有必要的臨床護理。只要條件允許，甚至不太具有侵略性的細菌也可以突破保護宿主正常的物理屏障和免疫屏障。比如，外皮受損(如血管通路導管或手術傷口)、營養不良(原因通常是重癥患者的胃腸病理問題或營養補充不足)，或者癌癥化療后肱骨或細胞免疫崩潰的情況。在以上這些情況下，即