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1基礎(chǔ)知識

1.1Luria的信條

1.2我們?yōu)槭裁匆芯坎《?/p>

1.2.1病毒無處不在

1.2.2病毒引起人類疾病

1.2.3病毒感染一切生物

1.2.4病毒能突破種間屏障

1.2.5我們自身含有病毒

1.2.6病毒是研究生物學(xué)的獨特而寶貴的工具

1.2.7病毒可用于生物學(xué)操作

1.3病毒學(xué)的史前時期

1.3.1古代的病毒感染

1.3.2最早的疫苗

1.3.3病原微生物

1.4病毒的發(fā)現(xiàn)

1.5病毒的特性

1.5.1病毒結(jié)構(gòu)的簡單性

1.5.2病毒的胞內(nèi)寄生性

1.6病毒的界定

1.7動物病毒的分類

1.7.1經(jīng)典系統(tǒng)

1.7.2根據(jù)基因組類型分類

1.7.3Baltimore分類系統(tǒng)

1.8病毒復(fù)制的一般策略

1.9展望

2感染周期

2.1引言

2.2感染周期

2.3細胞

2.4細胞表面的構(gòu)造

2.4.1胞外基質(zhì)： 組成成分和生物學(xué)重要性

2.4.2細胞膜的特性

2.4.3細胞膜蛋白

2.5進入細胞

2.6病毒RNA復(fù)制

2.7合成病毒蛋白質(zhì)

2.8產(chǎn)生病毒基因組

2.9形成子代病毒粒子

2.10病毒致病機理

2.11克服宿主防御

2.12病毒的培養(yǎng)

2.12.1細胞培養(yǎng)

2.12.2雞胚

2.12.3實驗動物

2.13病毒的分析方法

2.13.1感染性單位的測定

2.13.2噬斑效率

2.13.3病毒顆粒及其成分的測定

2.14病毒的生長：裂解理論

2.15一步生長周期

2.15.1最初的概念

2.15.2一步生長分析： 研究動物病毒的一個有價值的工具

2.16展望

3基因組和遺傳學(xué)

3.1引言

3.2基因組原理及巴爾的摩分類系統(tǒng)

3.3病毒基因組的結(jié)構(gòu)及其復(fù)雜性

3.3.1DNA基因組

3.3.2RNA基因組

3.4病毒基因組是什么樣的？

3.5編碼策略

3.6病毒序列告訴我們什么？

3.7病毒基因組起源

3.8病毒基因組的"大與小"：尺寸真的重要嗎？

3.9病毒的遺傳分析

3.9.1經(jīng)典遺傳學(xué)方法

3.9.2用基因工程將突變引入病毒基因組

3.9.3用雙鏈RNA進行遺傳干擾

3.9.4病毒基因組的工程改造：病毒載體

3.10展望

4結(jié)構(gòu)

4.1引言

4.1.1病毒粒子的功能

4.1.2命名

4.1.3研究病毒結(jié)構(gòu)的方法

4.2構(gòu)建保護性衣殼

4.2.1螺旋形的結(jié)構(gòu)

4.2.2二十面體對稱的衣殼或核衣殼

4.3包裝核酸基因組

4.3.1基因組和蛋白外殼的直接接觸

4.3.2通過特化的病毒粒子蛋白包裝

4.3.3通過細胞蛋白包裝

4.4囊膜病毒

4.4.1病毒囊膜成分

4.4.2簡單的囊膜病毒： 與外部蛋白及衣殼或核衣殼直接接觸

4.4.3帶有附加蛋白層的囊膜病毒

4.5復(fù)雜的病毒

4.5.1T4噬菌體

4.5.2皰疹病毒

4.5.3痘病毒

4.6病毒粒子其他組分

4.6.1病毒粒子酶

4.6.2其他的病毒蛋白質(zhì)

4.6.3非基因組病毒核酸

4.6.4細胞大分子

4.7展望

5吸附與侵入

5.1引言

5.2病毒吸附細胞

5.2.1一般原理

5.2.2鑒定病毒的細胞受體

5.2.3細胞受體舉例

5.2.4病毒粒子如何吸附受體

5.3細胞內(nèi)吞病毒粒子

5.4膜融合

5.5病毒粒子及亞病毒顆粒在細胞內(nèi)的運動

5.6病毒通過受體誘導(dǎo)的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)

5.7脫衣殼機制

5.7.1病毒在細胞質(zhì)膜上脫衣殼

5.7.2在內(nèi)吞過程中脫衣殼

5.7.3在溶酶體內(nèi)脫衣殼

5.8病毒基因組進入細胞核

5.8.1核定位信號

5.8.2核孔復(fù)合物

5.8.3入核途徑

5.8.4流感病毒RNP的入核

5.8.5DNA基因組的入核

5.8.6逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組的入核

5.9展望

6以RNA為模板合成RNA

6.1引言

6.2RNA模板的性質(zhì)

6.2.1病毒RNA的二級結(jié)構(gòu)

6.2.2裸露RNA及核衣殼RNA

6.3RNA合成裝置

6.3.1RNA依賴的RNA聚合酶的識別

6.3.2RNA聚合酶與序列的關(guān)系

6.3.3RNA依賴的RNA聚合酶的三級結(jié)構(gòu)

6.4RNA合成機制

6.4.1起始

6.4.2延伸

6.4.3模板特異性

6.4.4RNA模板的解旋

6.4.5細胞蛋白的作用

6.4.6為什么有不等量的正鏈和負鏈RNA

6.4.7(+)鏈RNA上核糖體與病毒聚合酶相遇的問題

6.4.8poly(A)的合成

6.5從mRNA產(chǎn)物到基因組RNA合成的轉(zhuǎn)變

6.5.1mRNA合成和基因組復(fù)制由不同的聚合酶完成

6.5.2 核衣殼蛋白抑制基因內(nèi)的終止-起始反應(yīng)

6.5.3莖-環(huán)結(jié)構(gòu)誘導(dǎo)的抑制終止

6.5.4 mRNA合成和基因組復(fù)制用的不同模板

6.5.5抑制多聚腺苷化

6.5.6mRNA合成和基因組復(fù)制所用的相同模板

6.6病毒RNA合成的細胞位點

6.7RNA病毒基因組多樣性的起源

6.7.1核苷酸的錯誤插入

6.7.2基因節(jié)段重配和RNA重組

6.7.3RNA編輯

6.8展望

7逆轉(zhuǎn)錄與整合

7.1逆轉(zhuǎn)錄病毒的逆轉(zhuǎn)錄

7.1.1發(fā)現(xiàn)

7.1.2影響

7.1.3逆轉(zhuǎn)錄途徑

7.1.4逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶的基本特征和結(jié)構(gòu)

7.1.5其他逆轉(zhuǎn)錄例子

7.2逆轉(zhuǎn)錄病毒DNA整合是一個獨特的過程

7.2.1在整合過程中整合酶 (IN)催化的步驟

7.2.2整合酶結(jié)構(gòu)和機制

7.3嗜肝DNA病毒逆轉(zhuǎn)錄

7.3.1一個具有逆轉(zhuǎn)錄酶的DNA病毒？

7.3.2逆轉(zhuǎn)錄途徑

7.4展望

8轉(zhuǎn)錄 策 略：D N A 模 板

8.1引言

8.1.1轉(zhuǎn)錄病毒DNA的細胞RNA聚合酶特性

8.1.2一些病毒的基因組必須轉(zhuǎn)變成模板才能轉(zhuǎn)錄

8.2RNA聚合酶Ⅱ的轉(zhuǎn)錄

8.2.1RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)

8.2.2調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的蛋白共性

8.3只由細胞裝置轉(zhuǎn)錄的病毒DNA模板

8.4調(diào)節(jié)RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的病毒蛋白

8.4.1調(diào)節(jié)模式

8.4.2人免疫缺陷病毒1型Tat蛋白的自我調(diào)控轉(zhuǎn)錄

8.4.3DNA病毒的轉(zhuǎn)錄級聯(lián)反應(yīng)

8.4.4進入兩種選擇性轉(zhuǎn)錄程序之一

8.5通過RNA聚合酶Ⅲ轉(zhuǎn)錄的病毒基因

8.5.1RNA聚合酶Ⅲ轉(zhuǎn)錄腺病毒VA-RNA基因

8.6在病毒感染的細胞內(nèi)抑制細胞轉(zhuǎn)錄裝置

8.7細胞轉(zhuǎn)錄成分的特殊功能

8.8一種病毒DNA依賴的RNA聚合酶

8.9展望

9基因組復(fù)制策略：DNA病毒

9.1引言

9.2通過細胞復(fù)制裝置合成 D N A ：S V 4 0 的 啟示

9.2.1真核復(fù)制子

9.2.2SV40 DNA合成期間細胞復(fù)制蛋白及其功能

9.3病毒DNA合成機制

9.3.1引發(fā)和延伸

9.3.2病毒復(fù)制起點特征

9.3.3病毒復(fù)制起點的識別

9.3.4病毒DNA合成裝置

9.3.5病毒復(fù)制產(chǎn)物的解離和加工

9.4指數(shù)增長病毒DNA復(fù)制機制

9.4.1病毒蛋白可以誘導(dǎo)細胞復(fù)制蛋白的合成

9.4.2病毒復(fù)制裝置以及輔助酶的合成

9.4.3不依賴細胞蛋白的病毒DNA復(fù)制

9.4.4病毒結(jié)構(gòu)蛋白的延遲合成阻止DNA模板的未成熟組裝

9.4.5細胞DNA合成的抑制

9.4.6病毒DNA在特殊的細胞區(qū)室中合成

9.5病毒DNA的有限復(fù)制

9.5.1整合的細小病毒DNA作為細胞基因組的一部分進行復(fù)制

9.5.2通過不同起點調(diào)控病毒的復(fù)制:Epstein-Barr病毒 (EB病毒)

9.5.3從單一起點開始的可控的指數(shù)性復(fù)制： 乳頭瘤病毒

9.6DNA病毒遺傳多樣性的起源

9.6.1病毒DNA聚合酶復(fù)制保真性

9.6.2雙鏈DNA缺口修復(fù)的抑制

9.6.3病毒基因組的重組

9.7展望

10病毒前體mRNA的加工

10.1引言

10.2 病毒Pre-mRNA加工時的共價修飾

10.2.1病毒mRNA 5′端加帽

10.2.2 病毒mRNA 3′-poly(A)節(jié)段的合成

10.2.3病毒前體mRNA的剪接

10.2.4 病毒前體mRNA的選擇型剪接

10.2.5病毒mRNA的編輯

10.3RNA從細胞核中輸出

10.3.1細胞輸出裝置

10.3.2病毒mRNA的輸出

10.4 病毒蛋白對病毒或細胞基因表達的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控

10.4.1病毒基因表達時序控制

10.4.2 病毒蛋白質(zhì)可抑制細胞mRNA的產(chǎn)生

10.5 調(diào)控病毒和細胞mRNA在細胞質(zhì)中的周轉(zhuǎn)(turnover)

10.5.1 病毒蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)mRNA的穩(wěn)定性

10.5.2 在轉(zhuǎn)化時對mRNA穩(wěn)定性的調(diào)控

10.6 抑制基因表達的小RNAs的產(chǎn)生及其功能

10.6.1 小干擾RNAs、 小RNA及其合成

10.6.2病毒miRNAs

10.6.3 阻斷RNA干擾的病毒基因產(chǎn)物

10.7展望

11翻譯的控制

11.1引言

11.2真核蛋白質(zhì)合成機制

11.2.1真核mRNA的一般結(jié)構(gòu)

11.2.2翻譯裝置

11.2.3起始

11.2.4延伸和終止

11.3病毒翻譯策略的多樣性

11.3.1多聚蛋白的合成

11.3.2遺漏掃描 (leaky scanning)

11.3.3再起始

11.3.4抑制終止

11.3.5核糖體移碼 (frameshifting)

11.3.6雙順反子mRNA

11.4病毒感染期間翻譯的調(diào)控

11.4.1病毒感染后翻譯起始的抑制

11.4.2eIF4F的調(diào)控

11.4.3poly(A)結(jié)合蛋白活性的調(diào)控

11.4.4eIF3的調(diào)控

11.4.5miRNA的調(diào)控

11.5展望

12細胞內(nèi)運輸

12.1引言

12.2細胞核內(nèi)組裝病毒蛋白入核組裝

12.3細胞質(zhì)膜上的組裝

12.3.1轉(zhuǎn)運病毒膜蛋白到細胞質(zhì)膜

12.3.2 在極性 (polarized) 細胞內(nèi)分類運輸病毒蛋白

12.3.3 在病毒感染的細胞中分泌途徑被破壞

12.3.4 病毒蛋白以非依賴性信號序列的方式被轉(zhuǎn)運到質(zhì)膜

12.4與內(nèi)部細胞膜相互作用

12.4.1 病毒蛋白在分泌途徑細胞區(qū)室的定位

12.4.2病毒蛋白定位于核膜上

12.5病毒基因組轉(zhuǎn)運到組裝位點

12.5.1 從細胞核到細胞質(zhì)轉(zhuǎn)運基因組和前基因組RNA

12.5.2 基因組從細胞質(zhì)到質(zhì)膜的轉(zhuǎn)運

12.6展望

13組裝 、釋 放 和 成 熟

13.1引言

13.2研究病毒組裝和釋放的方法

13.2.1病毒粒子的結(jié)構(gòu)研究

13.2.2 通過顯微鏡觀察組裝和 釋放

13.2.3 組裝中間體的生化和 遺傳分析

13.2.4基于重組DNA技術(shù)的方法

13.3蛋白衣殼的組裝

13.3.1結(jié)構(gòu)單位的形成

13.3.2衣殼和核衣殼的組裝

13.3.3自我組裝和輔助組裝反應(yīng)

13.4 病毒基因組和其他粒子成分的 選擇性包裝

13.4.1同時組裝或順序組裝

13.4.2核酸基因組的識別與包裝

13.4.3 病毒粒子酶類和其他非結(jié)構(gòu)蛋白整合到病毒粒子中

13.5囊膜的獲得

13.5.1 內(nèi)部成分的有序組裝以及從細胞膜上出芽

13.5.2 內(nèi)部結(jié)構(gòu)的組裝與囊膜的獲得協(xié)同進行

13.6病毒粒子的釋放

13.6.1無囊膜病毒的釋放

13.6.2 在細胞質(zhì)膜的組裝： 病毒粒子的出芽

13.6.3 在內(nèi)膜上的組裝： 胞吐的問題

13.7子代病毒粒子的成熟

13.7.1病毒粒子蛋白水解加工

13.7.2其他成熟反應(yīng)

13.8細胞到細胞的傳播

13.9展望

附錄結(jié)構(gòu)、基因組結(jié)構(gòu)與感染周期

腺病毒

嗜肝DNA病毒

皰疹病毒

正黏病毒

細小病毒

微RNA病毒

多瘤病毒

痘病毒

呼腸孤病毒

逆轉(zhuǎn)錄病毒

彈狀病毒

披膜病毒

術(shù)語

索引